千眼看世界
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总部位于西雅图的赛勒斯生物技术正在与波士顿的SimultStudioStudioS进行蛋白质工程合作，这项技术可以为华盛顿大学的菠菜提供高达15亿美元的资金。这两家公司本周宣布，该合作伙伴关系将支持针对免疫相关疾病开发新的药物。
这项合作包括一笔未披露的预付款，如果这笔交易达到某些药物发现、开发和销售里程碑，Cyrus的价值将高达15亿美元。
该伙伴关系的主要项目将把Selecta开发的免疫调节剂与Cyrus设计的名为IL-2的蛋白质结合起来。
Cyrus通过其蛋白质工程软件和实验室试验台测试增强IL-2。
Cyrus可以利用来自华盛顿大学蛋白质设计研究所的软件工具，设计出具有更高稳定性等特性的治疗性蛋白质。
新的合作关系为Cyrus正在进行的其他几项多年期交易增添了新的内容。其中包括与麻省理工学院博德研究所和哈佛大学正在进行的合作，以优化基于CRISPR的基因编辑技术。Cyrus还向包括大型制药公司在内的33家客户销售其蛋白质设计软件Cyrus Bench。
首席执行官卢卡斯·尼冯（Lucas Nivon）在给GeekWire的电子邮件中说：“我们的目标是成为新型药物计算蛋白质工程的首要合作伙伴。”。
在新的合作下，Cyrus将设计IL-2与Selecta的免疫调节剂ImmTOR结合。
众所周知，IL-2能增强体内被称为调节性T细胞的免疫细胞的作用，调节性T细胞能抑制过度活跃的免疫系统，缓解自身免疫性疾病的症状。在临床前实验中，将IL-2与IMMOR结合可以增加这些细胞的数量。
作为合作的一部分，另外两个项目也在进行中。这些项目还将涉及将工程蛋白与immotor相结合。
Nivon在一份声明中说：“这项合作与我们的蛋白质设计专业知识完美契合。”。“与我们目前的合作伙伴一起，我们展示了重新设计现有蛋白质生物制剂或从头开始构建它们的能力。”
Cyrus只是IPD利用基于软件的药物发现工具的几个衍生产品之一，这一领域正日益受到投资者的关注。
就在本周，IPD推出的A-Alpha Bio为其蛋白质发现平台筹集了2000万美元。7月，疫苗初创公司Icosavax在首次公开募股（IPO）中上市，募集资金超过1.8亿美元。
IPD最近还发布了一个强大的预测蛋白质折叠的工具，称为RoseTTAfold，它可以与Alphabet的DeepMind公司开发的另一个工具Alphafold2相媲美。这两个工具都让生命科学界感到震惊，他们一直在寻求一种快速计算的方法来预测蛋白质折叠。
蛋白质折叠被比作解决三维难题。一个形状合适的蛋白质分子可以消除一种有害的酶或调整免疫细胞的功能。
Nivon说，新的进展不会对新伙伴关系产生立竿见影的影响，因为大多数人类药物靶点已经知道了三维结构。Nivon说，IPD和DeepMind工具将被纳入Cyrus未来版本的工作流程中。
Nivon告诉GeekWire：“RoseTTA fold和Alphafold2都不会对未来几个季度的药物发现过程产生直接的重大影响，但我们相信，它们将对新生物学和新靶点发现产生重大影响，并在未来两年或更长时间内将药物引入临床试验。”。
Nivon说，该公司正在与大型制药公司合作，以开发更有效地使用RoseTTAfold的方法，尽管它还没有准备好正式发布。（RoseTTA还被纳入视频游戏Foldit和Rosetta@home在那里，人们可以贡献计算机时间来解决蛋白质结构。）
2015年，在完成IPD博士后研究后不久，尼冯与他人共同创立了Cyrus，他还与他人共同创立了自行车租赁公司Dipped Anywhere。赛勒斯在2017年获得了800万美元的风险投资，目前拥有24名员工。该公司还在为其生物化学实验室聘请研究人员。
Selecta的ImmTOR平台正在与其合作伙伴开发的其他蛋白质生物制剂和基因疗法相结合进行测试。该公司有一个痛风的3期试验，还有一些药物处于临床前后期开发阶段或准备进入1期试验。据投资者介绍，Selecta在2016年上市时筹集了7000万美元，今年5月手头有约1.5亿美元现金。
Selecta首席执行官卡斯滕·布伦（Carsten Brunn）在声明中说：“我们很幸运有机会通过设计和开发创新的蛋白质疗法来优化和推进我们的产品组合。”。“最终，这一合作有可能开启新的治疗方案，改善患有严重和衰弱性疾病的患者的生活。”
ImmTOR将纳米颗粒与免疫调节药物雷帕霉素结合。向颗粒中添加治疗性蛋白质可以降低该蛋白质受到免疫系统攻击的可能性。它还使蛋白质不太可能被身体清除或在患者体内引起反应。
Selecta和Cyrus都在利用蛋白质工程克服这一关键问题，即这类蛋白质会被人体拒绝。
Immotor抑制身体对特定蛋白质的反应。Cyrus可以设计一种蛋白质使身体接受它。Nivon告诉GeekWire，“我们一起以不同的、完全相加的方式解决同一个问题。”。